申请/专利权人：痕准生物医学技术(厦门)有限公司

申请日：2020-03-13

公开（公告）日：2024-04-02

公开（公告）号：CN113316818B

主分类号：G16B30/00

分类号：G16B30/00

优先权：["20190315 CN 2019101985821"]

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.04.02#授权;2022.08.26#专利申请权的转移;2021.09.14#实质审查的生效;2021.08.27#公开

摘要：本发明涉及肿瘤免疫治疗的领域。具体而言，本发明提供了患者中肿瘤特异性新生抗原的鉴定方法和装置。通过本发明的方法或装置鉴定的新生抗原可用于开发针对所述肿瘤的疫苗或T细胞疗法。

主权项：1.一种鉴定对象中肿瘤新生抗原的方法，所述方法包括以下步骤：a分析所述对象肿瘤组织或细胞和正常组织活细胞的全外显子组测序结果，鉴定肿瘤特异性体细胞突变，其中步骤a通过至少3种不同的方法分别独立地从所述全外显子组测序结果中鉴定体细胞突变，并选择在所述至少3种不同的方法中均被鉴定出的体细胞突变；步骤a进一步筛选符合以下标准的体细胞突变：1所述肿瘤组织或细胞和正常组织或细胞的测序深度大于或等于10；2在所述肿瘤组织或细胞的测序数据中，包含所述突变的读段数大于或等于3；3在所述肿瘤组织或细胞的测序数据中，所述突变的等位基因频率大于0.1；4在所述正常组织或细胞的测序数据中，所述突变的等位基因频率小于或等于0.01；和5在包含至少100个正常对象的正常组织或细胞的全外显子组测序结果中，所述突变的等位基因频率小于0.01；b分析所述对象肿瘤组织或细胞的转录组测序结果，对步骤a所鉴定的体细胞突变进行进一步筛选，其中步骤b包括基于基因表达水平的选择，选择位于RPKM大于或等于1的高表达的基因内的体细胞突变，以及对所述体细胞突变进行基因结构水平和影响基因编码功能水平的选择，选择基因结构水平注释为exonic且影响基因编码功能水平注释为nonsynonymousSNV的体细胞突变；c分析所述对象正常组织或细胞的全外显子组测序结果，通过外显子测序数据在氨基酸序列和核苷酸序列2个层次进行高精度比对分析，对所述对象进行HLA分型，其中步骤c中至少使用以下数据库进行HLA分型：ATHLATES、HLA-HD、HLAVBseq、seq2HLA和HLAminer；d基于步骤b和c的结果，分析对应于所述体细胞突变的突变肽与MHC的结合，从而筛选出候选的肿瘤特异性新生抗原，步骤d包括：d1提取对应所述体细胞突变的氨基酸序列，从而获得对应于所述体细胞突变的突变肽；d2基于步骤c的HLA分型结果，使用NetMHCcons、NetMHC、NetMHCpan、PickPocket以及MHCflurry、netMHCstab、NetChop通过MHC结合亲和力、MHC结合稳定性、蛋白酶体酶切、质谱数据分别独立地对突变肽进行打分并排序；和d3基于步骤d2的结果，通过几何平均法对所述突变肽进行打分并排序，由此选择出候选肿瘤新生抗原。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 痕准生物医学技术(厦门)有限公司 新生抗原的鉴定方法

免责声明
1、本报告根据公开、合法渠道获得相关数据和信息，力求客观、公正，但并不保证数据的最终完整性和准确性。
2、报告中的分析和结论仅反映本公司于发布本报告当日的职业理解，仅供参考使用，不能作为本公司承担任何法律责任的依据或者凭证。

阅读全文 双屏查看 官方信息 专利公告 收藏专利 下载PDF 下载WORD