申请/专利权人：中国水产科学研究院淡水渔业研究中心

申请日：2023-10-31

公开（公告）日：2024-04-12

公开（公告）号：CN117867084A

主分类号：C12Q1/6869

分类号：C12Q1/6869;G16B30/00;C12Q1/689;A01K61/95;G01N33/483

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.04.30#实质审查的生效;2024.04.12#公开

摘要：本发明提供的一种识别大银鱼转食个体的鉴定方法，涉及水生动物生物学鉴定技术领域，包括步骤一采集样品、步骤二测量指标、步骤三分析指标、步骤四提取DNA扩充、步骤五建立新的统计表、步骤六对步骤五数据进行比对分析、步骤七进一步验证步骤三的准确性；解决了现有技术中转食与未转食个体区分不够准确的问题；本发明通过仅使用头部形态特征，即可判断大银鱼转食与未转食个体的方法，判别容易，可视性好；同时依据筛选出4个变量建立了转食与未转食体的多参数形态判别公式，结合直观指标判别，可进一步提高精度；本发明首次发现了Romboutsia，Vibrio，Psychrobacter，Spiroplasma与大银鱼的食性转化过程显著相关，该微生物标志物可用于判别个体的进一步验证。

主权项：1.一种识别大银鱼转食个体的鉴定方法，其特征在于，包括：步骤一：逐月采集同水域中大银鱼样品；采集体长规格为40～150mm；每增加10mm为一组，每组测量样品数量大于等于30尾；步骤二：采集大银鱼样品的线性指标以及几何指标并根据采集到的指标进行数据测量分析；步骤三：对步骤一中样品，分别测量37项指标，并进行逐步判别分析；根据各变量对模型的贡献大小，逐步剔除不相关变量；筛选出4个变量X1、X2、X3和X4；X1＝D1L1；X2＝D11L1；X3＝D18L1；X4＝T；其中L1表示测量样本的体长；T表示测量样本的体重；D1表示测量样本的尾长；D11表示测量样本的胸鳍起点至腹鳍起点长度；D18表示测量样本的背鳍起点至背鳍末端的长度；建立这4个性状参数的函数关系：转食群体：P1＝-290.132+1667.238X1+2693.307X2+2962.143X3+15.079X4未转食群体：P2＝-231.778+1427.293X1+2521.844X2+2690.152X3+9.744X4若检验显示P1＜0.05，表明被测样品属于对应的群体；步骤四：采集大银鱼肠道中的粪便；提取粪便基因组总DNA，通过对DNA进行PCR扩增，PCR产物采用高通量测序平台IlluminaHiseq2500对肠道菌群DNA的16SrRNA基因V3-V4可变区进行高通量测序；步骤五：对所有有效序列在97％相似度下进行聚类，得到OTU可操作分类单元，OperationalTaxonomicUnit代表序列；去除嵌合体，并将有效序列比对回OTU代表序列，得到每个样品的OTU的丰度统计表；步骤六：通过RDPclassiferv2.2软件将OTU代表序列与GreenGene数据库比对进行物种注释；步骤七：用Wilcoxon秩和检验和线性判别分析效应大小LineardiscriminantanalysisEffectSize,LDA进行分析；选取LDA4的菌群作为大银鱼发生食性转换的关键肠道菌群比对步骤三中P1＜0.05的大银鱼个体是否出现这些关键肠道菌群；以此进一步验证步骤三的准确性。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心 一种识别大银鱼转食个体的鉴定方法

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