申请/专利权人：中国环境科学研究院

申请日：2024-01-24

公开（公告）日：2024-04-26

公开（公告）号：CN117935903A

主分类号：G16B15/00

分类号：G16B15/00;G16B40/30;G16B50/10;G16B50/30;G16B40/20;C12Q1/6869;C12Q1/6895;C12Q1/6888;C12N15/11

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.05.14#实质审查的生效;2024.04.26#公开

摘要：本发明公开了一种基于环境核酸的水生生物水质基准定值方法。属于水质基准定值技术领域。本发明以环境DNA的计数单位：操作分类单元OTU，代替传统的生物个体数量，对污染物生态效应进行表征，进而计算基准阈值。本发明实现了以环境友好式的实验观测手段，获取高通量测序的野外现场大数据，基于操作分类单元OTU敏感性分析，利用野外数据制定的基准阈值更适用于现场情况，现实意义更强。

主权项：1.一种基于环境核酸的水生生物水质基准定值方法，其特征在于，包括如下步骤：1采集目标水域的环境水样；2采用硝酸纤维膜对采集的环境水样进行过滤，保存滤膜；3采用核酸提取试剂盒提取滤膜环境核酸，如果提取的是RNA，通过反转录合成DNA；4设计针对不同类群水生生物的宏条形码基因扩增引物，对各类群水生生物宏条形码基因进行扩增；5切胶纯化目的条带，使其DNA占比≥50％；6将扩增子上机测序，获得高通量测序的原始数据；7对原始数据进行清洗，获得cleandata，并切除接头、引物，继而进行序列拼接；以97％相似度进行聚类，获得OTU的种类数以及每种OTU对应的数量；8确定对水生生物群落有重要影响的关键生态胁迫因子；9对于每种OTU，分别以每个采样点位的OTU数量为Y，以对应采样点位的目标胁迫因子浓度为X，分析确定目标胁迫因子对每种OTU的半数效应浓度EC50值；10以每种OTU的EC50的对数值logEC50为X；对不同种类的OTU按照EC50值从小到大进行排序，OTU的种类数设为N，不同种的OTU的序号设为R，R的数值为从1到N，设Y＝RN+1，Y代表了OTU在不同的胁迫因子浓度下受胁迫的比例；基于逻辑斯谛或正态函数对X和Y拟合，构建SSD曲线，建立起生态胁迫因子浓度-OTU受胁迫比例的关系；11计算Y＝0.05时的X值，即为生态胁迫因子的HC5值，基准值＝HC52。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 中国环境科学研究院 一种基于环境核酸的水生生物水质基准定值方法

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