申请/专利权人：广西壮族自治区农业科学院

申请日：2021-05-28

公开（公告）日：2023-04-28

公开（公告）号：CN113249512B

主分类号：C12Q1/6895

分类号：C12Q1/6895;C12Q1/6848;C12N15/11

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2023.04.28#授权;2021.08.31#实质审查的生效;2021.08.13#公开

摘要：本发明属于分子遗传学领域，涉及红麻植株不同胞质的鉴别，特别是指基于线粒体基因转录本差异鉴别红麻不同胞质的方法和应用。方法为：称取待鉴别红麻花药，并提取RNA；将提取的RNA进行自连后形成RNA环化产物；将环化产物反转录成cDNA；设计目的线粒体基因已知序列的5’端3’端反向巢氏引物，进行两轮反向巢氏PCR，经凝胶电泳检测后，回收第二轮巢氏PCR产物进行测序；将测序结果与目的线粒体基因的CDS保守区域进行对比分析，获得目的线粒体基因的CDS全长、及5’至3’端转录本全长；对线粒体基因的CDS全长和或转录本全长的序列特点进行分析，鉴别红麻不同类型的胞质。本发明还可应用于目的基因在不同材料处理、或不同品种间转录本丰度和转录本末端的比较研究。

主权项：1.基于线粒体基因转录本差异鉴别红麻品种是否受核质互作调控的方法，其特征在于，步骤为：（1）称取待鉴别红麻花药，并提取RNA；（2）将步骤（1）提取的RNA进行环化处理，然后对RNA环化产物进行反转录形成cDNA；（3）在目的线粒体基因保守区域的5’和3’端分别设计两对反向巢氏引物，进行两轮反向巢氏PCR，第一轮PCR反应以经RNA环化后反转录的cDNA为模板，用距离目的基因保守区域5’和3’端边界较远的两条引物组合成引物对AP1SP1，进行PCR扩增反应；第二轮PCR反应第一轮的PCR产物为模板，用距离目的基因保守区域5’和3’端边界较近的两条引物组合成引物对AP2SP2，进行PCR扩增反应，经凝胶电泳检测后，将第二轮巢氏PCR产物进行回收测序；所述目的线粒体基因为atp1，atp9和cox3；（4）将测序结果与目的线粒体基因的CDS保守区域进行对比分析，通过ORFfinder在线软件以及同源序列比对获得目的线粒体基因的CDS全长、及该线粒体基因的5’至3’端转录本全长；（5）对步骤（4）获得的线粒体基因的CDS全长和或5’至3’端转录本全长的序列特点进行分析，鉴别红麻不同胞质；所述步骤（5）中鉴别红麻不同胞质的标准为：以atp1为线粒体目的基因时，atp1在不育系胞质中扩增出三条特异条带，在保持系胞质中只有一条特异条带，而在F1胞质中有两条特异条带；以atp9为线粒体目的基因时，在不育系中扩增出一条大小为400bp的特异条带，在保持系和F1代中扩增的特异条带大小为450bp；以cox3为线粒体目的基因时，cox3在不育系胞质中扩增出5条特异条带，且弱带均在两主带之间，在保持系中只有一条特异条带，在F1代中有两条相邻的主带。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 广西壮族自治区农业科学院 基于线粒体基因转录本差异鉴别红麻不同胞质的方法和应用

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