申请/专利权人：深圳太力生物技术有限责任公司

申请日：2022-08-23

公开（公告）日：2024-03-08

公开（公告）号：CN117672346A

主分类号：G16B15/30

分类号：G16B15/30;G16B30/00

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.03.26#实质审查的生效;2024.03.08#公开

摘要：本发明公开了一种基于对接阻断模型的靶向前药掩蔽评价方法与系统。所述方法包括以下步骤：1获取靶向药物与目标分子的接触残基对的集合C；2提取掩蔽肽及其可裂解接头肽段与靶向药物肽段的三维结构；3获取阻断氨基酸对的集合B；4计算阻断向量相对于接触向量的有效距离，判断接触氨基酸对被阻断；5计算阻断率，按照阻断率越大掩蔽效果越好的原则评价靶向前药的掩蔽效果。所述系统包括：接触残基对获取模块、靶向前药的三维结构数据获取模块、阻断氨基酸对获取模块、阻断判断模块、以及统计评价模块。本发明计算被掩蔽肽阻断的频率，可更好的反映前抗体的掩蔽效率或掩蔽倍数。

主权项：1.一种基于对接阻断模型的靶向前药掩蔽评价方法，其特征在于，包括以下步骤：1获取靶向药物与其目标分子特异性结合的三维结构数据并确定其中靶向药物与目标分子的接触残基对的集合C；所述接触残基对c为：靶向药物与其目标分子特异性结合的三维结构数据中存在原子距离小于预设阈值的靶向药物氨基酸残基与其相应的目标分子氨基酸残基；并收集接触残基对c中的靶向药物氨基酸残基形成待掩蔽氨基酸残基集合A；2获取待评价的靶向前药的三维结构数据，提取其掩蔽肽及其可裂解接头肽段与靶向药物肽段的三维结构；3对于待掩蔽氨基酸残基集合A中的每一元素，即待掩蔽氨基酸残基a，在步骤2获得的掩蔽肽及其可裂解接头肽段与靶向药物肽段的三维结构中搜索掩蔽肽及其可裂解接头肽段上与其原子距离小于所述预设阈值的的氨基酸残基，作为该接触残基对c的靶向药物氨基酸残基的阻断氨基酸，将该靶向药物氨基酸残基与其阻断氨基酸作为阻断氨基酸对b，收集所有阻断氨基酸对b作为阻断氨基酸对的集合B；4对于步骤1获得的接触氨基酸对集合C和步骤3获得的阻断氨基酸对集合B，以靶向药物氨基酸残基的α碳原子为起点或终点，以其接触残基对的目标分子残基的α碳原子为相应终点或起点作为接触向量v，以其阻断残基对的掩蔽肽及其可裂解接头肽段残基的α碳原子为相应终点或起点作为阻断向量W；计算阻断向量相对于接触向量的有效距离，即阻断距离e’，若靶向药物氨基酸残基的阻断距离e’大于0且小于其接触向量的长度d，则判断所述接触氨基酸对被阻断；阻断距离e’按照如下方法计算：e’＝ecosθ其中，e为阻断向量W的长度，θ为接触向量v和阻断向量W的夹角；5根据步骤4对于接触氨基酸对集合C中各接触氨基酸对c的被阻断判断结果，统计接触氨基酸对c或待掩蔽氨基酸残基a被阻断的概率作为阻断率；并按照阻断率越大掩蔽效果越好的原则评价靶向前药的掩蔽效果。

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