申请/专利权人：湖南师范大学

申请日：2023-07-13

公开（公告）日：2024-03-22

公开（公告）号：CN116769883B

主分类号：C12Q1/6851

分类号：C12Q1/6851;C12N15/11

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.03.22#授权;2023.10.10#实质审查的生效;2023.09.19#公开

摘要：本发明公开了基于DNA样品鉴定杂交鱼倍性的方法，其包括如下步骤：1引物及特异性探针设计和筛选；2基因组DNA提取；3qPCR检验探针特异性；4ddPCR定量检测：以DNA为模板，利用设计出的引物及物种特异性Taqman探针，双探针法ddPCR扩增，数据采集和分析，通过目标基因的父母本DNA拷贝数的比值推测杂交后代的倍性。本发明首次将物种特异性TaqMan探针和数字定量PCR系统应用到杂交鱼类的倍性鉴定中，从而实现不依赖于活体材料的杂交鱼倍性鉴定，提高鱼类远缘杂交育种研究中实验材料的保护和利用率。而且操作简便易实现，适合快速大量的实验样本倍性的鉴定操作。

主权项：1.一种基于DNA样品鉴定杂交鱼倍性的方法，其特征在于，包括如下步骤：（1）引物及特异性探针设计和筛选：对杂交亲本鲤和翘嘴鲌的同源基因进行比对与分析，筛选出EPHX2基因为目的基因，筛选和设计物种特异性Taqman探针和引物；所述引物及物种特异性Taqman探针如下：正向引物为EPHX2-F：5’-CTCAAGAAGTAGGTGCAGTAA-3’；反向引物为EPHX2-R：5’-TGCCTTGACACTTTCTTCAT-3’；鲤特异性探针为EPHX2-COC-Probe：5’-CTCAGCGATTGGAAATTGACAGCAG-3’；翘嘴鲌特异性探针为EPHX2-TC-Probe：5’-TGAAAACTGGCAGCAGATTCAAAGA-3’；（2）基因组DNA提取：选取亲本鱼和杂交子代鱼，取尾鳍组织，用组织DNA提取试剂盒提取全基因组DNA；使用酶标仪测定DNA的OD260OD280比值和浓度，选取高质量的DNA模板用于实验；（3）qPCR检验探针特异性：以步骤（2）得到的DNA为模板，利用步骤（1）设计出的引物及物种特异性Taqman探针，进行qPCR扩增反应，扩增结束后检测亲本鱼及杂交子代鱼样品的扩增曲线以判断探针的特异性；（4）ddPCR定量检测：以步骤（2）得到的DNA为模板，利用步骤（1）设计出的引物及物种特异性Taqman探针，进行双探针法ddPCR扩增，扩增结束进行数据采集和分析，通过目标基因的父母本DNA拷贝数的比值推测杂交后代的倍性；通过目标基因的父母本DNA拷贝数的比值推测杂交后代的倍性：1.0≤拷贝数比值＜1.4为二倍体杂交鱼；1.7＜拷贝数比值≤2.0为三倍体杂交鱼，1.4≤拷贝数比值≤1.7为四倍体杂交鱼；所述杂交鱼为鲤和翘嘴鲌远缘杂交后代。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 湖南师范大学 一种基于DNA样品鉴定杂交鱼倍性的方法

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