申请/专利权人：郑州大学

申请日：2022-01-14

公开（公告）日：2024-03-29

公开（公告）号：CN114464259B

主分类号：G16B30/10

分类号：G16B30/10;G16B15/30

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.03.29#授权;2022.05.27#实质审查的生效;2022.05.10#公开

摘要：本发明公开了一种靶向PD‑1mRNA反义脱氧寡核苷酸的筛选方法及应用，包括以下步骤：人和小鼠PD‑1mRNA序列信息的获取；人和小鼠PD‑1mRNA保守序列的筛选；人和小鼠PD‑1mRNA保守序列的二级结构预测；人和小鼠PD‑1mRNA保守序列内部稳定性分析；ASO的二级结构预测和分子间分子内能量分析；ASO与靶区mRNA结合的能量分析；ASO的评分；步骤八、ASO的合成。本发明通过网络数据库和生物信息软件，以人和小鼠PD‑1mRNA的保守序列为靶点，设计了一系列靶向PD‑1mRNA的候选ASOs，并通过生物信息软件对其进行分析，初步筛选出形成分子间或分子内二级结构所需的自由能较高、与靶区mRNA结合所需的自由能较低、且不易非特异性地结合其他与PD‑1无关的mRNA的ASOs，在灭活病毒疫苗或重组亚单位疫苗中发挥佐剂效应。

主权项：1.一种靶向PD-1mRNA反义脱氧寡核苷酸的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤一、人和小鼠PD-1mRNA序列信息的获取，在美国国立生物技术信息中心Nucleotide数据库中，以“PD-1”为检索词，检索人和小鼠PD-1mRNA的序列信息；步骤二、人和小鼠PD-1mRNA保守序列的筛选，利用DNASTARLasergene序列分析软件中的子软件“MegAlign”对人和小鼠PD-1mRNA的序列进行比对，以筛选二者的保守序列；步骤三、人和小鼠PD-1mRNA保守序列的二级结构预测，利用Sfold在线分析软件中的Srna功能对人和小鼠PD-1mRNA的二级结构进行预测，检测保守序列中未配对的碱基数，以判断这三段保守序列成为ASO设计靶区的可能性；步骤四、人和小鼠PD-1mRNA保守序列内部稳定性分析，利用Oligo分析软件对人和小鼠PD-1mRNA的保守序列的内部稳定性进行分析；步骤五、ASO的二级结构预测和分子间分子内能量分析，利用Oligo分析软件对PD-1mRNA候选靶向性ASO的二级结构进行预测；步骤六、ASO与靶区mRNA结合的能量分析，利用Sfold在线分析软件中的Soligo功能对候选ASOs与其靶区mRNA结合的能量进行分析；步骤七、ASO的评分，以ASO的分子间分子内自由能及ASO与靶区mRNA结合的自由能为重要参数，对候选ASOs进行了评分；对候选ASOs的评分方法，如下：1将1～15号ASOs按照分子间自由能由高到低排序、分子内自由能由高到低排序、靶区mRNA结合能量由低到高排序；2按照排序的1～15分别计为15～1分，将分子间自由能得分、分子内自由能得分、与靶区mRNA结合能量得分计算总和，作为ASO的综合得分；3按照综合得分将ASOs进行排序；4筛选出得分最高的三个ASOs作为最终的PD-1mRNA靶向性ASO；步骤八、ASO的合成。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 郑州大学 一种靶向PD-1 mRNA反义脱氧寡核苷酸的筛选方法及应用

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