申请/专利权人：北京金匙医学检验实验室有限公司;天津金匙医学科技有限公司;金匙智造(天津)医疗科技有限公司

申请日：2023-09-14

公开（公告）日：2024-04-09

公开（公告）号：CN117219157B

主分类号：G16B15/30

分类号：G16B15/30;G16B30/10;G16B50/00;G16B40/00;G06N20/00

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.04.09#授权;2023.12.29#实质审查的生效;2023.12.12#公开

摘要：本申请属于生物信息学技术领域，具体涉及一种铜绿假单胞菌‑碳青霉烯类药物药敏表型耐药特征筛选方法，以及筛选到的用于预测铜绿假单胞菌‑碳青霉烯类药物药敏表型的特征基因组合、试剂盒及其应用，可准确预测药敏表型。

主权项：1.铜绿假单胞菌碳青霉烯类药物耐药表型特征的筛选方法，其特征在于，包括如下步骤：1公共数据库获取铜绿假单胞菌菌株基因组数据，收集对应药敏测试结果数据；2基于铜绿假单胞菌基因组的contig序列进行CARD耐药数据库的比对和耐药基因注释；3基于铜绿假单胞菌基因组的contig序列进行变异位点检测和注释，得到变异位点谱；4针对碳青霉烯类药物，将步骤2经过耐药基因注释得到的耐药基因和步骤3得到的变异位点谱与耐药表型数据关联分析，筛选得到与耐药产生相关的重要特征基因，并计算重要特征基因权重系数；所述步骤2中，所述比对和耐药基因注释具体为：将基于铜绿假单胞菌基因组的contig序列与CARD耐药基因参考序列库进行比对，过滤掉identity80％或参比基因覆盖度80％的hit，针对各contig上比对上的区域选择besthit作为该contig区域的最终比对结果，并添加耐药基因的注释信息，统计各菌株耐药基因检出情况，汇总成矩阵表格；所述步骤3中，所述检测和注释具体为：将铜绿假单胞菌基因组contig序列打断成片段化序列，将片段序列比对到铜绿假单胞菌参考基因组后进行变异位点检测，得到变异位点谱；步骤3中进一步包括：对Oprd基因进行基因变异位点检测和注释，对功能变异程度进行高中低分级，将变异程度最高级别特征整合为关键特征，所述功能变异包括导致CDS提前终止的SNP变异、导致CDSframeshift的InDel和起始子的无义SNP突变；所述步骤4中，所述碳青霉烯类药物为亚胺培南和或美罗培南；所述关联分析具体为：依据CARD库里记录的各耐药基因对应的抗生素药物分类信息，基于步骤2得到的基因检出矩阵表格、步骤3得到的变异位点谱和步骤3得到的oprD基因变异级别，挑选出亚胺培南或美罗培南相关耐药基因的子矩阵表格，并过滤掉检出频率较低和PPV较低的基因，用过滤后表格数据使用拉索回归模型进行与亚胺培南和或美罗培南药敏结果的关联分析，以筛选得到与亚胺培南或美罗培南耐药相关的重要特征。

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权利要求：

百度查询： 北京金匙医学检验实验室有限公司;天津金匙医学科技有限公司;金匙智造(天津)医疗科技有限公司 预测铜绿假单胞菌碳青霉烯类药物药敏表型的特征基因、试剂盒及应用

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