申请/专利权人：中国农业科学院果树研究所;河北省林业和草原科学研究院;怀来县城投农业开发有限公司

申请日：2023-12-19

公开（公告）日：2024-04-05

公开（公告）号：CN117831628A

主分类号：G16B30/10

分类号：G16B30/10;G16B30/20;G16B50/00

优先权：

专利状态码：在审-公开

法律状态：2024.04.05#公开

摘要：本发明涉及生物信息学技术领域，尤其涉及一种二代测序数据的品种来源检测方法。所述方法包括：将待检测二代测序数据经过比对过滤和组装之后进行电子克隆；根据电子克隆的结果判断所述待检测二代测序数据的品种来源；所述比对过滤包括：将所述待检测二代测序数据和参考序列集合进行比对，保留比对上的reads。本发明基于特定的参考序列集合对二代测序数据中的碎片化信息进行整合，进而对其进行品种溯源。本发明提供的方法可以准确、高效地实现二代测序数据的品种溯源，同时降低了序列组装的工作量，这对于提高测序数据的可靠性具有重要价值。

主权项：1.一种二代测序数据的品种来源检测方法，其特征在于，包括：将待检测二代测序数据经过比对过滤和组装之后进行电子克隆；根据电子克隆的结果判断所述待检测二代测序数据的品种来源；所述比对过滤包括：将所述待检测二代测序数据和参考序列集合进行比对，保留比对上的reads；所述参考序列集合通过如下方法得到：从公共数据库中获得与所述待检测二代测序数据对应物种相同来源的多个SSR引物对；针对每个SSR引物对，提取上下游引物在所述公共数据库中侧翼100～400bp的核苷酸序列，以及上下游引物之间的序列。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 中国农业科学院果树研究所;河北省林业和草原科学研究院;怀来县城投农业开发有限公司 一种二代测序数据的品种来源检测方法

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