申请/专利权人：无锡市疾病预防控制中心

申请日：2023-10-18

公开（公告）日：2024-03-19

公开（公告）号：CN117153245B

主分类号：G16B15/30

分类号：G16B15/30;G01N21/552;G16B40/00;G16B5/00;G16B30/00

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.03.19#授权;2023.12.19#实质审查的生效;2023.12.01#公开

摘要：本发明适用于生物分析检测技术领域，提供了一种预测新型冠状病毒S蛋白RBD区域与hACE2受体相互作用的方法，所述方法基于蛋白结构数据的结合模拟进行分析以及比较实验数据；所述方法基于序列数据的蛋白结构模拟和结合模拟进行分析；所述方法基于突变位点的蛋白结构模拟和结合模拟进行分析。本发明基于PRODIGY可以通过多种数据类型较为准确地预测S蛋白RBD区域与hACE2受体的相互作用模式，可快速且有效地分析不同变异株的感染能力，为研究新型冠状病毒感染的疫苗和药物的开发提供可靠的工具支持。

主权项：1.一种预测新型冠状病毒S蛋白RBD区域与hACE2受体相互作用的方法，其特征在于，包括：所述方法基于蛋白结构数据的结合模拟进行分析以及比较实验数据；所述方法基于序列数据的蛋白结构模拟和结合模拟进行分析；所述方法基于突变位点的蛋白结构模拟和结合模拟进行分析；基于蛋白结构数据的结合模拟进行分析以及比较实验数据的步骤包括：进行pcVOCsS蛋白-hACE2复合体的结合模拟分析：从RCSBPDB蛋白结构数据库中获取pcVOCsS蛋白-hACE2复合体的结构数据，选取分辨率高的结构数据；使用PRODIGY对获取的结构数据进行分析，输入pcVOCsS蛋白-hACE2复合体中发生主要相互作用的2条蛋白链，系统温度设为25℃，记录结合自由能；将PRODIGY分析结果和已有实验数据进行比较：将已有实验数据同PRODIGY分析结果做一元线性回归分析；基于序列数据的蛋白结构模拟和结合模拟进行分析的步骤包括：对本地SARS-CoV-2进行高通量测序，对获得的序列进行组装和谱系鉴定后，提取相应S蛋白RBD区域序列；对S蛋白RBD区域序列使用基于同源建模技术的SWISS-MODEL在线工具预测蛋白三维结构，构建时选择相同的模板结构，从6M0J复合体中分解出hACE2蛋白的结构数据，使用ZDOCKServer进行刚性对接，获得pcVOCsS蛋白-hACE2复合体结构，使用PRODIGY对获取的结构数据进行分析，记录结果；使用基于MMGBSA的HawkDockServer工具对PRODIGY结果进行验证；所述使用PRODIGY对获取的结构数据进行分析步骤中，系统温度为25℃，使用PRODIGY对获取的结构数据进行分析后，记录结合自由能；基于突变位点的蛋白结构模拟和结合模拟进行分析的步骤包括：通过逐个突变模拟方法分析单个突变位点对SARS-CoV-2与hACE2结合互作的影响，并利用SPR方法检测S蛋白与hACE2结合的亲和力大小，验证增强或降低S蛋白与hACE2结合亲和力的突变位点。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 无锡市疾病预防控制中心 预测新型冠状病毒S蛋白RBD区域与hACE2受体相互作用的方法

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