申请/专利权人：山东大学

申请日：2022-06-27

公开（公告）日：2024-04-05

公开（公告）号：CN114863992B

主分类号：G16B5/00

分类号：G16B5/00;G16B40/00;G16B50/10;G06F17/16

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.04.05#授权;2022.08.23#实质审查的生效;2022.08.05#公开

摘要：本发明提供了一种基于组织特异性的玉米可变剪接异构体功能预测系统，通过对isoform在各个组织上的表达数据进行处理，构造多个组织的isoform共表达网络，并通过自适应权重来将各个组织的isoform共表达网络进行整合，可以得到高质量的isoform组织特异性关联网络；通过利用isoform序列数据构造isoform序列相似度网络，并将其与isoform组织特异性关联网络进行融合，可以得到更好的isoform功能关联网络；通过非负矩阵分解进行多示例学习，同时使用isoform功能关联网络来指导非负矩阵分解，从而实现了isoform的更精准和更全面功能预测。

主权项：1.一种基于组织特异性的玉米可变剪接异构体功能预测系统，其特征在于：包括：数据获取模块，被配置为：获取待预测isoform在不同玉米组织上的RNA-seq数据、isoform序列数据、isoform与其从属基因的关联矩阵以及isoform从属基因的已知功能注释；组织特异性提取模块，被配置为：根据isoform在不同玉米组织上的RNA-seq数据，构造各个组织的isoform共表达网络，根据自适应权重来进行加权整合，得到整合的isoform组织特异性关联网络；多组学数据融合模块，被配置为：根据isoform的序列数据构造序列相似度关联网络，并与isoform组织特异性关联网络进行融合，得到isoform功能关联网络；功能预测模块，被配置为：通过非负矩阵分解技术进行多示例学习，将已知isoform从属基因的已知功能注释进行分解，对isoform功能进行预测，同时使用isoform功能关联网络指导矩阵分解过程，将isoform层面的潜在功能注释聚合到基因层面，并将基因层面的功能注释向已知的功能注释对齐，最终学习得到isoform的功能预测结果；根据isoform的序列数据构造序列相似度关联网络，并与isoform组织特异性关联网络进行融合，得到isoform功能关联网络，包括：对任意两个isoform所翻译的氨基酸序列计算序列相似度，得到isoform序列相似度网络；通过融合isoform组织特异性关联网络和isoform序列相似度网络，构造isoform的功能关联网络；对任意两个isoform组织特异性关联网络矩阵对应值和isoform所翻译的氨基酸序列相似度网络矩阵对应值取最大值来得到isoform的功能关联网络矩阵，构造isoform的功能关联网络，包括：N＝maxNtissue,Nseq其中，N为isoform功能关联网络矩阵，Ntissue为isoform组织特异性关联网络，Nseq为isoform所翻译的氨基酸序列相似度矩阵。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 山东大学 基于组织特异性的玉米可变剪接异构体功能预测系统

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