申请/专利权人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所

申请日：2024-01-10

公开（公告）日：2024-04-05

公开（公告）号：CN117535429B

主分类号：C12Q1/6888

分类号：C12Q1/6888;G16B20/20

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.04.05#授权;2024.03.01#实质审查的生效;2024.02.09#公开

摘要：本发明公开了用于从岭藏鸡品种鉴定的SNP位点集合及其应用。所述SNP位点在基因组具体染色体位置是以鸡7.0参考基因组作为参考基因组比对后确定，所述SNP位点集合由SNP1‑SNP176所示的176个SNP位点组成的集合。本发明还公开了采用SNP位点集合在从岭藏鸡品种鉴定中的应用，包括：（1）DNA的提取和测序；（2）SNP基因分型和质控：将靶向测序的数据与鸡7.0参考基因组进行比对生成基因型文件并进行质控；（3）采用SVM机器学习方法和PCA分析鉴定待检测品种是否为从岭藏鸡品种。采用本发明提供的SNP标记组合能用最少的SNP标记更加准确的鉴定从岭藏鸡样本，极大提高了鉴定效率。

主权项：1.SNP位点集合在从岭藏鸡品种鉴定中的应用，所述SNP位点在基因组具体染色体位置是以鸡7.0参考基因组GRCg7b作为参考基因组比对后确定，所述SNP位点集合由以下SNP1-SNP176所示的176个SNP位点组成的集合：SNP1：1号染色体，物理位置：1304190，突变碱基T，参考碱基C；SNP2：1号染色体，物理位置：4895824，突变碱基C，参考碱基T；SNP3：1号染色体，物理位置：14138529，突变碱基G，参考碱基A；SNP4：1号染色体，物理位置：27698625，突变碱基T，参考碱基C；SNP5：1号染色体，物理位置：48968559，突变碱基G，参考碱基C；SNP6：1号染色体，物理位置：52273892，突变碱基G，参考碱基A；SNP7：1号染色体，物理位置：52799375，突变碱基A，参考碱基G；SNP8：1号染色体，物理位置：52960797，突变碱基A，参考碱基G；SNP9：1号染色体，物理位置：52989389，突变碱基T，参考碱基C；SNP10：1号染色体，物理位置：53080995，突变碱基G，参考碱基A；SNP11：1号染色体，物理位置：53142996，突变碱基A，参考碱基T；SNP12：1号染色体，物理位置：54959234，突变碱基G，参考碱基T；SNP13：1号染色体，物理位置：55115690，突变碱基T，参考碱基C；SNP14：1号染色体，物理位置：56602994，突变碱基T，参考碱基C；SNP15：1号染色体，物理位置：80298900，突变碱基T，参考碱基C；SNP16：1号染色体，物理位置：84127068，突变碱基T，参考碱基C；SNP17：1号染色体，物理位置：84153175，突变碱基T，参考碱基A；SNP18：1号染色体，物理位置：106396822，突变碱基T，参考碱基C；SNP19：1号染色体，物理位置：123952880，突变碱基A，参考碱基G；SNP20：1号染色体，物理位置：128709327，突变碱基A，参考碱基T；SNP21：1号染色体，物理位置：128985622，突变碱基T，参考碱基C；SNP22：1号染色体，物理位置：131096621，突变碱基A，参考碱基C；SNP23：1号染色体，物理位置：131714962，突变碱基C，参考碱基T；SNP24：1号染色体，物理位置：132207649，突变碱基T，参考碱基C；SNP25：1号染色体，物理位置：132271510，突变碱基G，参考碱基A；SNP26：1号染色体，物理位置：133571245，突变碱基G，参考碱基A；SNP27：1号染色体，物理位置：162866129，突变碱基T，参考碱基C；SNP28：1号染色体，物理位置：163899659，突变碱基T，参考碱基C；SNP29：1号染色体，物理位置：163971419，突变碱基T，参考碱基A；SNP30：1号染色体，物理位置：164289720，突变碱基A，参考碱基G；SNP31：1号染色体，物理位置：164432108，突变碱基A，参考碱基G；SNP32：1号染色体，物理位置：164511858，突变碱基C，参考碱基G；SNP33：1号染色体，物理位置：173373136，突变碱基G，参考碱基A；SNP34：1号染色体，物理位置：185628745，突变碱基A，参考碱基G；SNP35：1号染色体，物理位置：188274783，突变碱基A，参考碱基G；SNP36：2号染色体，物理位置：543649，突变碱基G，参考碱基A；SNP37：2号染色体，物理位置：9799045，突变碱基A，参考碱基G；SNP38：2号染色体，物理位置：17810865，突变碱基A，参考碱基C；SNP39：2号染色体，物理位置：33921333，突变碱基A，参考碱基G；SNP40：2号染色体，物理位置：33927252，突变碱基G，参考碱基A；SNP41：2号染色体，物理位置：44211953，突变碱基T，参考碱基G；SNP42：2号染色体，物理位置：46981651，突变碱基A，参考碱基G；SNP43：2号染色体，物理位置：50331923，突变碱基G，参考碱基T；SNP44：2号染色体，物理位置：60251855，突变碱基C，参考碱基T；SNP45：2号染色体，物理位置：99918420，突变碱基C，参考碱基T；SNP46：2号染色体，物理位置：100921928，突变碱基A，参考碱基G；SNP47：2号染色体，物理位置：101718595，突变碱基A，参考碱基G；SNP48：2号染色体，物理位置：102013782，突变碱基A，参考碱基C；SNP49：2号染色体，物理位置：107290446，突变碱基C，参考碱基T；SNP50：2号染色体，物理位置：108234563，突变碱基T，参考碱基A；SNP51：2号染色体，物理位置：108263283，突变碱基C，参考碱基T；SNP52：2号染色体，物理位置：109933824，突变碱基A，参考碱基G；SNP53：2号染色体，物理位置：128561700，突变碱基T，参考碱基A；SNP54：2号染色体，物理位置：133772775，突变碱基A，参考碱基G；SNP55：2号染色体，物理位置：134433380，突变碱基C，参考碱基T；SNP56：2号染色体，物理位置：138703974，突变碱基A，参考碱基G；SNP57：2号染色体，物理位置：139018851，突变碱基G，参考碱基C；SNP58：2号染色体，物理位置：139031145，突变碱基G，参考碱基T；SNP59：2号染色体，物理位置：140432751，突变碱基A，参考碱基G；SNP60：2号染色体，物理位置：142774719，突变碱基C，参考碱基T；SNP61：2号染色体，物理位置：145355222，突变碱基A，参考碱基T；SNP62：3号染色体，物理位置：7799471，突变碱基G，参考碱基T；SNP63：3号染色体，物理位置：18613089，突变碱基T，参考碱基C；SNP64：3号染色体，物理位置：28256464，突变碱基C，参考碱基T；SNP65：3号染色体，物理位置：31283220，突变碱基C，参考碱基T；SNP66：3号染色体，物理位置：31416904，突变碱基G，参考碱基A；SNP67：3号染色体，物理位置：32270712，突变碱基G，参考碱基A；SNP68：3号染色体，物理位置：33558099，突变碱基G，参考碱基A；SNP69：3号染色体，物理位置：42070431，突变碱基T，参考碱基C；SNP70：3号染色体，物理位置：42105259，突变碱基G，参考碱基C；SNP71：3号染色体，物理位置：44746823，突变碱基G，参考碱基A；SNP72：3号染色体，物理位置：55117050，突变碱基T，参考碱基C；SNP73：3号染色体，物理位置：59633428，突变碱基T，参考碱基A；SNP74：3号染色体，物理位置：60002999，突变碱基A，参考碱基G；SNP75：3号染色体，物理位置：61846996，突变碱基A，参考碱基G；SNP76：3号染色体，物理位置：62266204，突变碱基C，参考碱基T；SNP77：3号染色体，物理位置：78229161，突变碱基C，参考碱基T；SNP78：3号染色体，物理位置：86593916，突变碱基C，参考碱基G；SNP79：3号染色体，物理位置：94586031，突变碱基T，参考碱基C；SNP80：3号染色体，物理位置：95657310，突变碱基T，参考碱基C；SNP81：3号染色体，物理位置：101955206，突变碱基A，参考碱基G；SNP82：3号染色体，物理位置：107411520，突变碱基C，参考碱基T；SNP83：4号染色体，物理位置：317320，突变碱基T，参考碱基C；SNP84：4号染色体，物理位置：1043211，突变碱基A，参考碱基G；SNP85：4号染色体，物理位置：3130336，突变碱基A，参考碱基G；SNP86：4号染色体，物理位置：3611959，突变碱基C，参考碱基T；SNP87：4号染色体，物理位置：16376720，突变碱基C，参考碱基A；SNP88：4号染色体，物理位置：16487871，突变碱基T，参考碱基C；SNP89：4号染色体，物理位置：16496005，突变碱基A，参考碱基G；SNP90：4号染色体，物理位置：20732993，突变碱基C，参考碱基T；SNP91：4号染色体，物理位置：21427365，突变碱基T，参考碱基A；SNP92：4号染色体，物理位置：21456782，突变碱基G，参考碱基A；SNP93：4号染色体，物理位置：21745251，突变碱基T，参考碱基C；SNP94：4号染色体，物理位置：21772496，突变碱基T，参考碱基G；SNP95：4号染色体，物理位置：22388861，突变碱基C，参考碱基T；SNP96：4号染色体，物理位置：22456612，突变碱基A，参考碱基C；SNP97：4号染色体，物理位置：27144054，突变碱基A，参考碱基G；SNP98：4号染色体，物理位置：36803942，突变碱基A，参考碱基G；SNP99：4号染色体，物理位置：43167126，突变碱基A，参考碱基G；SNP100：4号染色体,物理位置：43181077，突变碱基G，参考碱基A；SNP101：4号染色体,物理位置：43385962，突变碱基G，参考碱基T；SNP102：4号染色体,物理位置：43441807，突变碱基C，参考碱基T；SNP103：4号染色体，物理位置：51164972，突变碱基A，参考碱基C；SNP104：4号染色体，物理位置：51959551，突变碱基G，参考碱基C；SNP105：4号染色体，物理位置：56294104，突变碱基A，参考碱基G；SNP106：4号染色体，物理位置：56916055，突变碱基C，参考碱基A；SNP107：4号染色体，物理位置：58383434，突变碱基T，参考碱基A；SNP108：4号染色体，物理位置：59789144，突变碱基T，参考碱基A；SNP109：4号染色体，物理位置：64991390，突变碱基C，参考碱基G；SNP110：4号染色体，物理位置：69972587，突变碱基C，参考碱基T；SNP111：4号染色体，物理位置：72453303，突变碱基G，参考碱基T；SNP112：4号染色体，物理位置：72652616，突变碱基T，参考碱基C；SNP113：4号染色体，物理位置：72662785，突变碱基T，参考碱基C；SNP114：4号染色体，物理位置：72975869，突变碱基G，参考碱基C；SNP115：4号染色体，物理位置：76430009，突变碱基A，参考碱基G；SNP116：4号染色体，物理位置：82834950，突变碱基C，参考碱基G；SNP117：4号染色体，物理位置：84688415，突变碱基G，参考碱基A；SNP118：5号染色体，物理位置：10687265，突变碱基T，参考碱基C；SNP119：5号染色体，物理位置：33348516，突变碱基A，参考碱基G；SNP120：5号染色体，物理位置：35174953，突变碱基A，参考碱基C；SNP121：5号染色体，物理位置：38084753，突变碱基C，参考碱基G；SNP122：5号染色体，物理位置：42593760，突变碱基C，参考碱基A；SNP123：5号染色体，物理位置：46937653，突变碱基A，参考碱基G；SNP124：5号染色体，物理位置：52188924，突变碱基G，参考碱基A；SNP125：6号染色体，物理位置：9479056，突变碱基T，参考碱基A；SNP126：6号染色体，物理位置：11620614，突变碱基C，参考碱基T；SNP127：7号染色体，物理位置：19519663，突变碱基G，参考碱基A；SNP128：7号染色体，物理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