申请/专利权人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所

申请日：2023-11-20

公开（公告）日：2024-04-16

公开（公告）号：CN117894368A

主分类号：G16B20/30

分类号：G16B20/30;G16B20/20;G16B40/00;G06N20/20;G06N5/01;C12Q1/6888

优先权：

专利状态码：在审-公开

法律状态：2024.04.16#公开

摘要：本发明属于生物信息学及畜禽种质资源品种保护领域，本发明提供基于XGBoost模型的20个藏羊品种分子鉴别的SNP位点组合及应用。本发明所提供的SNP位点组合包括1192个SNP位点，更具体地，本发明中，将每个藏羊个体全基因组SNP位点组合的基因型，用0替代野生基因型，用1替代杂合基因型，用2替代突变基因型，输入到训练后的XGBoost模型中，获取待检测个体的藏羊品种信息。本发明基于机器学习的思想，充分结合了位点基因型与品种之间的相关关系，具有预测速度快、预测准确性高的显著效果。

主权项：1.藏羊全基因组SNP位点组合，其特征在于，获得藏羊品种的DNA，用AffymetrixOvine600K芯片进行基因型测定，对获得的SNP进行质量控制后，进行群体间FST分析；按FST值从大到小的顺序排序，获得候选特异性SNP位点；在所述候选特异性SNP位点中，删除不同品种中均存在的SNP位点；利用方差选择过滤法删除没有区分度的SNP位点，保留具有区分度的SNP位点，即藏羊全基因组SNP位点组合。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 基于XGBoost模型的20个藏羊品种分子鉴别的SNP位点组合及应用

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