申请/专利权人：西北工业大学

申请日：2023-12-27

公开（公告）日：2024-03-19

公开（公告）号：CN117727366A

主分类号：G16B30/00

分类号：G16B30/00;G16B40/20;G16B40/30

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.04.05#实质审查的生效;2024.03.19#公开

摘要：本发明公开了一种基于序列同步优化的RNA序列表示增强方法，包括one‑hot编码、随机裁剪、结构感知学习、序列表征、分层对比损失计算五个过程。本发明方法可以对RNA序列进行可靠表征，很好的保留了RNA序列的特征信息。

主权项：1.一种基于序列同步优化的RNA序列表示增强方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤1：one-hot编码；对于长度为L的线性RNA序列x，通过one-hot编码后得到X：X∈RL·4步骤2：随机裁剪；对编码后的RNA序列进行随机裁剪，得到Sm和Sn，其中Sm和Sn满足下式： 设置超参数λ对重叠序列的最小长度进行限制：|Sm∩Sn≥λ|步骤3：结构感知学习；对两个重叠子序列通过线性层进行高维映射，得到RNA序列的潜在向量V；W和b分别表示需要优化的参数和向量偏差参数；V＝WX+b步骤4：序列表征；RNA序列的潜在向量V中的每一个元素都将经过一个概率掩码mask∈{0，1}操作；步骤5：分层对比损失计算；分层对比损失计算包括序列一致性和片段一致性；其中序列一致性用于比较RNA序列中不同位置碱基的信息损失，片段一致性用于比较不同RNA序列中相同位置碱基的信息损失。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 西北工业大学 一种基于序列同步优化的RNA序列表示增强方法

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