申请/专利权人：中山大学孙逸仙纪念医院

申请日：2019-07-23

公开（公告）日：2024-03-19

公开（公告）号：CN110846391B

主分类号：C12Q1/6869

分类号：C12Q1/6869

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.03.19#授权;2020.03.24#实质审查的生效;2020.02.28#公开

摘要：本发明公开了一种环状RNA全长序列的检测方法，包括步骤：1在数据库中查找目的环状RNA的DNA序列；2任意取环状RNA对应到DNA序列的外显子和或内含子区紧邻的两个核苷酸中间作为断开点，断开为两条DNA，取其中一条DNA序列的3’末端和另一条序列的5’末端连接，形成一条新的DNA序列；3设计新的DNA全长序列的上、下游引物；4验证步骤3中设计的上、下游引物，以保证所述上、下游引物不能扩增出线性RNA分子，得到最终引物对；5使用最终引物对环状RNA对应的cDNA进行PCR扩增；6使用步骤5中PCR产物进行琼脂糖电泳检测和Sanger测序，即得所述环状RNA全长序列。该检测方法能更容易和简便地获得环状RNA全长序列。

主权项：1.一种环状RNA全长序列的检测方法，包括以下步骤：1在数据库中查找目的环状RNA的DNA序列；2任意取所述环状RNA对应到DNA序列的外显子和或内含子区紧邻的两个核苷酸中间作为断开点，断开为两条DNA，取其中一条DNA序列的3’末端和另一条序列的5’末端连接，形成一条新的DNA序列；3设计用于检测步骤2所得新的DNA全长序列的上游引物和下游引物；4验证步骤3中设计的上游引物和下游引物，以保证所述上游引物和下游引物不能扩增出线性RNA分子，得到最终引物对；5使用步骤4中最终引物对所述环状RNA对应的cDNA进行PCR扩增；6使用步骤5中PCR产物进行琼脂糖电泳检测和Sanger测序，即得所述环状RNA全长序列；所述步骤2断开点避开外显子、内含子剪切位置；所述断开点距离最近的外显子和或内含子剪切位置大于20bp；所述步骤3中上游引物和下游引物长度为19～25bp；所述步骤3中上游引物和下游引物的GC比例为40～60％；上游引物和下游引物中发生hairpin及dimer的总碱基数量小于或等于6；所述步骤3中上游引物和下游引物的Tm值相差小于5℃。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 中山大学孙逸仙纪念医院 一种环状RNA全长序列的检测方法

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