申请/专利权人：深圳碳云智能数字生命健康管理有限公司;深圳数字生命研究院

申请日：2018-12-30

公开（公告）日：2024-03-22

公开（公告）号：CN111161794B

主分类号：G16B20/00

分类号：G16B20/00;G16B25/10;G16B50/00

优先权：

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.03.22#授权;2020.06.09#实质审查的生效;2020.05.15#公开

摘要：本申请公开了一种肠道微生物测序数据处理方法、装置、存储介质及处理器。该方法包括：获取目标对象的肠道微生物菌群的测序数据；根据标准基因数据库对测序数据进行注释，得到注释结果；根据注释结果，对目标对象的肠道微生物菌群进行评估，获得目标对象的肠道微生物的菌群信息。通过本申请，解决了相关技术中尚未有采用宏基因组基因数据分析方法对肠道微生物菌群和对菌群的状态进行有效的分析的方法，以及尚不能实现通过采用宏基因组基因分析方法对个体肠道微生物进行全面、多元的分析，并满足个性化分析的需求的问题。

主权项：1.一种肠道微生物测序数据的处理方法，其特征在于，所述方法包括：获取目标对象的肠道微生物菌群的测序数据；根据标准基因数据库对所述测序数据进行注释，得到注释结果；根据所述注释结果，对所述目标对象的肠道微生物菌群进行评估，获得所述目标对象的肠道微生物的菌群信息；获得所述目标对象的肠道微生物的菌群信息之后，所述方法还包括：基于所述菌群信息对所述目标对象的肠道微生物的进行性能分析，所述性能分析涉及如下至少之一：有益菌分析、有害菌分析及疾病预测分析、多样性分析；在所述性能分析涉及有益菌分析和或有害菌分析的情况下，基于所述菌群信息对所述目标对象的肠道微生物的进行性能分析包括：计算所述目标对象的肠道微生物中有益菌指数和或有害菌指数，将每个有益菌的相对丰度作为所述目标对象肠道中该有益菌的有益菌指数，将每个有害菌的相对丰度作为所述目标对象肠道中该有害菌的有害菌指数，确定所述有益菌指数和或有害菌指数在参考人群中的位置，根据所述有益菌指数和或有害菌指数在所述参考人群中的位置计算所述目标对象的肠道微生物的有益菌得分和或有害菌得分；在所述性能分析涉及疾病预测分析的情况下，基于所述菌群信息对所述目标对象的肠道微生物的进行性能分析包括：计算所述目标对象的肠道疾病指数，确定所述肠道疾病指数在参考人群中的位置；所述肠道疾病指数通过以下方法计算：统计第一类微生物的物种相对丰度均值X1和第二类微生物的物种相对丰度均值X2，所述X1与所述X2的差值即为所述肠道疾病指数；其中，第一类微生物指在患有特定疾病的人群中的物种相对丰度值相对健康人群中的物种相对丰度值大于第一预设标准的肠道微生物的组合；第二类微生物指在健康人群中的物种相对丰度值相对患有特定疾病的人群中的物种相对丰度值大于第二预设标准的肠道微生物的组合，其中，进行肠道疾病分析的疾病种类至少包括以下之一：2型糖尿病、肥胖、结直肠癌、冠心病、类风湿性关节炎、非酒精性脂肪肝、痛风、炎症性肠病、阿尔茨海默症；在所述性能分析涉及所述多样性分析的情况下，基于所述菌群信息对所述目标对象的肠道微生物的进行性能分析包括：计算所述目标对象的肠道微生物的多样性指数，确定所述多样性指数在参考人群中的位置；所述多样性指数按照如下方法计算：在所述目标对象的肠道微生物中，计算每种肠道微生物的所述物种相对丰度与所述物种相对丰度的对数的乘积；将所有所述肠道微生物计算得到的乘积进行加和，得到所述多样性指数；其中，确定所述有益菌指数和或有害菌指数在参考人群中的位置，根据所述有益菌指数和或有害菌指数在所述参考人群中的位置计算所述目标对象的肠道微生物的有益菌得分和或有害菌得分包括：进行有益菌分析的有益菌种类至少包括以下之一：双歧杆菌属、乳酸杆菌、乳酸乳球菌、肠系膜明串珠菌、嗜热链球菌、青春双岐杆菌、动物双歧杆菌、两歧双歧杆菌、短双歧杆菌、长双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、卷曲乳杆菌、德氏乳杆菌、发酵乳杆菌、加氏乳杆菌、瑞士乳杆菌、约氏乳杆菌、副干酪乳杆菌、植物乳杆菌、罗伊氏乳杆菌、鼠李糖乳杆菌、唾液乳杆菌、产丁酸细菌SS34、柔嫩梭菌、多形拟杆菌，将所述参考人群肠道内有益菌的有益菌指数按照从小到大的顺序进行排序，确定所述参考人群中有益菌指数小于所述目标对象肠道内有益菌的有益菌指数的人数ip，通过计算ip与参考人群总人数sp的比例确定所述目标对象肠道内有益菌的有益菌指数在所述参考人群中的位置，若a≤cpb，则认为所述目标对象肠道内有益菌的有益菌指数处于较低水平；若b≤cpc则认为所述目标对象肠道内有益菌的有益菌指数处于中等水平；若c≤cpd，则认为所述目标对象肠道内有益菌的有益菌指数处于较高水平；在所述目标对象肠道内某个有益菌的有益菌指数处于较低水平的情况下，该有益菌的有益菌得分＝第一参数*该有益菌的有益菌指数+第二参数；在所述目标对象肠道内某个有益菌的有益菌指数处于适中水平的情况下，该有益菌的有益菌得分＝第三参数*该有益菌的有益菌指数+第四参数；在所述目标对象肠道内某个有益菌的有益菌指数处于较高水平的情况下，该有益菌的有益菌得分＝第五参数*该有益菌的有益菌指数+第六参数；进行有害菌分析的有害菌种类包括食源性致病菌和机会性致病菌，所述食源性致病菌至少包括以下之一：食源性致病菌、大肠弯曲杆菌、空肠弯曲杆菌、肉毒杆菌、产气荚膜梭状芽胞杆菌、苏黎世克罗诺罗杆菌、金黄色葡萄球菌、霍乱弧菌、志贺氏菌、沙门菌属，所述机会性致病菌至少包括以下之一：弧菌、变形杆菌数、耶尔森氏鼠菌、沙雷氏菌属、肺炎双球菌、酿脓链球菌、变异链球菌、屎肠球菌、产单核李斯特菌、脑膜炎奈瑟氏菌、肺炎克雷伯菌、艰难梭菌、炭疽杆菌、结核分枝杆菌、绿脓杆菌、鲍氏不动杆菌、流感嗜血杆菌、阴沟肠杆菌、具核梭杆菌、微小小单胞菌，将所述参考人群肠道内有害菌的有害菌指数按照从小到大顺序进行排序，确定所述参考人群中有害菌指数小于所述目标对象肠道内有害菌的有害菌指数的人数io，通过计算io与参考人群总人数so的比例确定所述目标对象肠道内有害菌的有害菌指数在所述参考人群中的位置若a≤cob，则认为所述目标对象肠道内有害菌的有害菌指数处于较低水平；若b≤coc，则认为所述目标对象肠道内有害菌的有害菌指数处于中等水平；若c≤cod，则认为所述目标对象肠道内有害菌的有害菌指数处于较高水平；在所述目标对象肠道内某个有害菌的有害菌指数处于较低水平的情况下，该有害菌的有害菌得分＝第一参数*该有害菌的有害菌指数+第二参数；在所述目标对象肠道内某个有害菌的有害菌指数处于适中水平的情况下，该有害菌的有害菌得分＝第三参数*该有害菌的有害菌指数+第四参数；在所述目标对象肠道内某个有害菌的有害菌指数处于较高水平的情况下，该有害菌的有害菌得分＝第五参数*该有害菌的有害菌指数+第六参数。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 深圳碳云智能数字生命健康管理有限公司;深圳数字生命研究院 肠道微生物测序数据处理方法、装置、存储介质及处理器

免责声明
1、本报告根据公开、合法渠道获得相关数据和信息，力求客观、公正，但并不保证数据的最终完整性和准确性。
2、报告中的分析和结论仅反映本公司于发布本报告当日的职业理解，仅供参考使用，不能作为本公司承担任何法律责任的依据或者凭证。

阅读全文 双屏查看 官方信息 专利公告 收藏专利 下载PDF 下载WORD