申请/专利权人：四川大学

申请日：2023-05-30

公开（公告）日：2024-04-09

公开（公告）号：CN116676175B

主分类号：C12M1/34

分类号：C12M1/34;C12M1/36;C12M1/00;C12Q1/6874;C12N15/11;G16B40/00;G16B40/10;G16B30/00;G16B20/20;G16B25/20

优先权：["20230317 CN 2023102647091"]

专利状态码：有效-授权

法律状态：2024.04.09#授权;2023.09.19#实质审查的生效;2023.09.01#公开

摘要：本发明涉及测序领域，具体涉及一种多条形码直接RNA纳米孔测序分类器。本发明提供的分类器包括测序数据接收模块，所述测序数据包括测试样本数据，其包括n种测试样本RNA多核苷酸对应的测序数据，其中2≤n≤24且n为整数，条形码序列对每一种测试样本RNA多核苷酸具有特异性，所述条形码序列选自SEQIDNOs:1‑24中的任意一种；信号处理模块，用于将所述测序数据处理成电流信号数据；分类模块，用于调用基于所述测试样本数据中的所述条形码序列构建的分类模型，对所述电流信号数据进行分类并输出所述n种测试样本RNA多核苷酸的分类结果。本发明可以实现在一张芯片中同时对多种生物样本测序，降低了生物样本起始投入量和多样本测序成本。

主权项：1.一种直接RNA测序系统，其特征在于，包括：测序数据接收模块，用于接收和存储测序数据，所述测序数据包括双链多核苷酸的直接RNA测序数据，所述双链多核苷酸为RNADNA杂化双链结构，所述双链多核苷酸包括第一链和第二链，所述第一链从5’至3’方向包括RNA多核苷酸、PolyA序列、条形码序列、第一连接序列和测序接头，所述第二链从5’至3’方向包括测序接头、第二连接序列、条形码序列、PolyT序列和所述RNA多核苷酸的逆转录序列；所述测序数据包括测试样本数据和训练样本数据；所述测试样本数据包括n种测试样本RNA多核苷酸对应的直接RNA测序数据，其中2≤n≤24且n为整数，所述条形码序列对每一种测试样本RNA多核苷酸具有特异性，所述条形码序列选自SEQIDNOs:1-24中的任意一种；信号处理模块，用于将所述测序数据处理成电流信号数据，所述信号处理模块对所述测序数据进行预处理和分割，所述分割为将所述条形码的电流信号数据分割成70-100列矩阵；分类模块，用于调用基于所述测试样本数据中的所述条形码序列构建的分类模型，对所述测试样本数据的电流信号数据进行分类并输出所述n种测试样本RNA多核苷酸的分类结果；过滤模块，用于基于设置的分类可能性的阈值，将低于所述阈值的读取过滤掉，所述阈值0.3；其中，所述双链多核苷酸的形成方法包括以下步骤：S1提供双链DNA多核苷酸来捕获待测RNA序列并形成第一杂交结构；所述双链DNA多核苷酸为逆转录接头的前向链和后向链组装成的双链结构，所述前向链从5’至3’方向包括条形码序列和第一连接序列，所述后向链从5’至3’方向包括第二连接序列、条形码序列和PolyT序列，所述待测RNA序列包括所述RNA多核苷酸和PolyA序列，所述双链DNA多核苷酸通过所述PolyT序列捕获所述待测RNA序列；S2将所述第一杂交结构逆转录，形成第二杂交结构；S3将测序接头与所述第二杂交结构连接，形成第三杂交结构，即所述双链多核苷酸。

全文数据：

权利要求：

百度查询： 四川大学 一种多条形码直接RNA纳米孔测序分类器

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