申请/专利权人：浙江大学;杭州市农业技术推广中心(杭州市植保植检中心)

申请日：2024-01-30

公开（公告）日：2024-04-05

公开（公告）号：CN117821656A

主分类号：C12Q1/6895

分类号：C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11

优先权：

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.04.23#实质审查的生效;2024.04.05#公开

摘要：本发明公开了用于鉴定杭糯玉21糯玉米品种的InDel分子标记及其应用，属于玉米品种鉴定技术领域。所述InDel分子标记为Indel01～Indel37位点中至少一个InDel位点，本发明通过对玉米品种杭糯玉21、父母本双亲以及9个对照品种的基因组DNA进行测序，与参考基因组B73‑V5相比较，筛选获得杭糯玉21的特异性标记。根据每个位点设计引物，利用PCR扩增的方法，筛选出特异性强、重复性高、结果稳定的位点引物组，核苷酸序列如SEQIDNO.1～74所示。所述引物组能快速、准确地对杭糯玉21品种进行鉴定。

主权项：1.InDel位点检测试剂在鉴定杭糯玉21品种中的应用，其特征在于，所述试剂用于检测如下Indel01～Indel37位点中的至少一个InDel位点，所述Indel01位点位于B73-V5基因组中第8号染色体的74327965位存在TCTCCACGCAGAGAAGCGCCTACGCCGTCTCAGCGGAGGCATCCA片段的缺失；所述Indel02位点位于B73-V5基因组中第5号染色体的205618420位存在TACTAAGTCGATGGAACC片段的缺失；所述Indel03位点位于B73-V5基因组中第5号染色体的224380350位存在CATGCGGGCATAGTAAATGTATGAGGAGATCCACCTC片段的缺失；所述Indel04位点位于B73-V5基因组中第10号染色体的21302050位存在GCTTGGGTGTCATCATGCGTGAAGCAAA片段的缺失；所述Indel05位点位于B73-V5基因组中第7号染色体的151363532位存在GAGCAAGAGTTGGGA片段的缺失；所述Indel06位点位于B73-V5基因组中第3号染色体的32571190位存在GCTGCGATGAAACTTTACTT片段的插入；所述Indel07位点位于B73-V5基因组中第2号染色体的59957178位存在TTGGTGTGCATATGAAGGTCTAGGAGCTCCTTCCTACAATAACAGTATGCTAAGCAGGAACTGTGCAGCTATCTCAAATGCCAAAAGATTGGCTCGGCAT片段的缺失；所述Indel08位点位于B73-V5基因组中第2号染色体的237399322位存在TTTGCACTCTAACTCTTTCTATAGAAAACA片段的插入；所述Indel09位点位于B73-V5基因组中第1号染色体的9520388位存在ATAAAGTACCAAAAAGAAAATAATTATTGGAGAGAGTGGGGGTGCAAGCGGTAT片段的缺失；所述Indel10位点位于B73-V5基因组中第1号染色体的40513192位存在AACCACTCTGCAAACAGCCTCGCAGGTCACGGCCAGCAGGGACAGCCGC片段的缺失；所述Indel11位点位于B73-V5基因组中第9号染色体的152997579位存在TAATTAAGGATGACG片段的缺失；所述Indel12位点位于B73-V5基因组中第8号染色体的120261605位存在CCAGCGGCAGCAGCAGCG或CCCAGCAGCAGCAGCAGCG片段的插入；所述Indel13位点位于B73-V5基因组中第3号染色体的139994638位存在AGCC片段的缺失；所述Indel14位点位于B73-V5基因组中第9号染色体的152997579位存在TAATTAAGGATGACG片段的缺失；所述Indel15位点位于B73-V5基因组中第1号染色体的21540354位存在GATAAACAGACCCTTAGTGGTTTTGTTTTCTCAAGCAAAGCTCATTA片段的插入；所述Indel16位点位于B73-V5基因组中第10号染色体的63055748位存在GACTACACATAACAAA片段的缺失；所述Indel17位点位于B73-V5基因组中第1号染色体的307473335位存在CACGGAACACGAATGACCCTGGAGCTTGGTGGCCCTCGTGAGGGTGAACAAAAGCTAAAGGATA片段的缺失；所述Indel18位点位于B73-V5基因组中第3号染色体的182101444位存在AATTTATAACTCTAGTACTGATGTTCTGCGTTAGATTA片段的缺失；所述Indel19位点位于B73-V5基因组中第3号染色体的216292025位存在TTTGCTCTTATAAATGATTGCAATTCTTCTCACATCA片段的缺失；所述Indel20位点位于B73-V5基因组中第6号染色体的155788155位存在TATATATAAACTAGGTCTAAACGGGACTAAAAACCAGGATCAAATGG片段的缺失；所述Indel21位点位于B73-V5基因组中第7号染色体的162110398位存在TTGCTCACCTGACCTGGTGTT片段的缺失；所述Indel22位点位于B73-V5基因组中第9号染色体的136624473位存在TAGTGATGATGGTCATTGTATATGTATTTCGTATGG片段的缺失；所述Indel23位点位于B73-V5基因组中第7号染色体的96464136位存在ACCACTGAATAATATGATCCTGGCATTACGTACTTCTG片段的缺失；所述Indel24位点位于B73-V5基因组中第9号染色体的115594787位存在TGATGATAGCAACCTCCGCTGCAATCAGAGAGTAAATCAGTCAGCATTT片段的插入；所述Indel25位点位于B73-V5基因组中第9号染色体的160669715位存在GACTCTATTCTAGCTCCAGTGTGGA片段的插入；所述Indel26位点位于B73-V5基因组中第5号染色体的24353821位存在TGTCTCCTTATCTTTCTTGAAAAAACA片段的缺失；所述Indel27位点位于B73-V5基因组中第1号染色体的9484027位存在GTTTTCTTGTGATATTCCGAAAACTAAAACAAGAGCTCTATGAGCACAGGATACGTTCCC片段的缺失；所述Indel28位点位于B73-V5基因组中第3号染色体的178211126位存在AAGGCCGAGGGCGTCCATCACTTTATCTTC片段的插入；所述Indel29位点位于B73-V5基因组中第8号染色体的87599950位存在GCAGAGGCCACTGTTCTTAAGGCGTCGCCTATGCGTCCAGGCGGAGGTCCAACT片段的缺失；所述Indel30位点位于B73-V5基因组中第4号染色体的65475938位存在GCTATAGGGTCATTAGACCATGTGAACAATTGTATCTAGGGTTTTA片段的插入；所述Indel31位点位于B73-V5基因组中第4号染色体的205849549位存在CTGAGGTATGACCAGTAATCTATCCATACTACTATATAATTTACTAGATTA或GACTGAGGTATGACCAGTAATCTATCCATACCACTATATAATTTACTAGATTA片段的插入；所述Indel32位点位于B73-V5基因组中第2号染色体的178804799位存在TTACAGTATTTGCCAATAATATAAAATTATTAATTATCACC片段的插入；所述Indel33位点位于B73-V5基因组中第5号染色体的224929148位存在ATTTAATCCCTAAATTACCAAACGGTGAG片段的缺失；所述Indel34位点位于B73-V5基因组中第6号染色体的156447947位存在CATATATATTAGGCTCACCAGTGGAGAAATGGG片段的插入；所述Indel35位点位于B73-V5基因组中第6号染色体的165282119位存在GTGCGAGCTCTACATGCTGCCTATGCAA片段的缺失；所述Indel36位点位于B73-V5基因组中第7号染色体的29261210位存在TAATATAGTATAAAATCGGATGGCATACCAGGAATTTTTCC片段的缺失；所述Indel37位点位于B73-V5基因组中第7号染色体的144364593位存在GAAATAAGAGGGCACGACGCACGCGC片段的插入；所述B73-V5基因组为Genbank数据库：GCA_902167145.1。

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