申请/专利权人：国科大杭州高等研究院;中国科学院上海营养与健康研究所

申请日：2023-12-01

公开（公告）日：2024-04-02

公开（公告）号：CN117809745A

主分类号：G16B20/40

分类号：G16B20/40;C12Q1/6886;C12Q1/6869;G16H50/30;G16B40/00;G06F18/2431;G06N20/20;G06N5/01

优先权：["20231027 CN 2023114077258"]

专利状态码：在审-实质审查的生效

法律状态：2024.04.19#实质审查的生效;2024.04.02#公开

摘要：本发明的一种评估代谢酶3βHSD1活性的方法及系统，包括以下步骤：S1，收集受试者基因表达的样本数据；S2，选择若干受试者基因表达，计算其基因的子节点的基尼值，S3，选定每一个基因的子节点中数值最小的GiniD作为该转录组指纹中的基因表达量的最优分割点；S4，选用步骤S3中的若干个最优分割点建立一个决策树模型；S5，重复步骤S2‑S5，建立多个决策树模型，构成随机森林模型，S6，得到代谢酶3βHSD1活性的分数，作为转录组指纹的分数。本发明的一种评估代谢酶3βHSD1活性的方法及系统，建立了转录组指纹来表征前列腺组织3βHSD1代谢活性，可以提供给医生作为高效的前列腺癌风险早期诊断的生物标志物。

主权项：1.一种评估代谢酶3βHSD1活性的方法，包括以下步骤：S1，收集受试者基因表达的样本数据，即受试者前列腺组织基因表达的转录组数据；S2，选择若干受试者基因，计算其基因的子节点的基尼值，GiniD表示子节点的基尼值，pi表示第i类样本在此节点中的比例，pi′表示除了第i类样本之外的其他样本在此节点中的比例，S3，选定每一个基因的子节点中数值最小的GiniD作为该转录组指纹中的基因表达量的最优分割点；S4，选用步骤S3中的若干个最优分割点建立一个决策树模型；S5，重复步骤S2-S5，对受试者基因表达量随机抽样的基础上，建立多个决策树模型，构成随机森林模型，S6，采用步骤S5建立的随机森林模型得到代谢酶3βHSD1活性的分数，作为转录组指纹的分数。

全文数据：

权利要求：

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